フランチャイズ契約は、フランチャイザー（ローソン、セブンイレブン等のチェーン）に比べて加盟店（フランチャイジー）がノウハウや知識に大きな差があることから、加盟店に著しく不利な契約を強いられることがあるとして、弁護士会で問題となっています。

たとえば、加盟店がフランチャイザーに支払うロイヤリティーが、（売上高－実際に売れた商品の原価）×〇％といった計算式で算定されるため、

廃棄された商品の原価や棚卸時になくなっている商品の原価を差し引くことができず、ロイヤリティーが高額になるという問題が指摘されています。

他にも、フランチャイズから脱退するときに高額の違約金を課したり、広範囲の競業避止義務・守秘義務を課す等の問題が指摘されています。